2008年之前，民办非营利医院免税是依据财税[2000]42号文，新的《中华人民共和国企业所得税法》及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》从2008年1月1日实施后，当地税务部门说财税[2000]42号文关于所得税减免优惠便自动废止，合资格的民办非营利医院都要纳所得税。

问题1、财税[2000]42号文有关税收优惠(除营业税外)现在是否有效?

问题2、符合条件的民办非营利医院(指符合条件的医疗收入)是否免所得税，依据是什么?

问题3、医院在税法上分营利和非营利性质，全国的公立医院(非营利)减免税是依据什么法规或文件(当地地税部门说《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》及财税[2009]122号文都没有明确规定非营利医院免征所得税)

问题4、新的《中华人民共和国营业税暂行条例》是从2008年11月10号颁报，2009年1月1日实施的，国家财政部 国家税务总局在2009年5月18日专门发文：财税[2009]61号通知中二：部分废止或失效的文件的第9点：财税[2009]42号有关营利税的规定，而财税[2000]42号有关所得税规定在《中华人民共和国企业所得税法》及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》从2008年1月1日实施至今，都没有发什么文件废止或失效，为什么有不同处理方法?是否从另一个侧面说财税[2009]42号仍然有效?问题5、现在全国各地对民办非营利医院在所得税征收政策不统一：有的征，有的免，为什么税务总局没有统一的规定?

根据《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》(财税[2008]1号)第五条规定，除《企业所得税法》、《企业所得税法实施条例》、《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》(国发[2007]39号)，《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》(国发[2007]40号)及本通知规定的优惠政策以外，2008年1月1日之前实施的其他企业所得税优惠政策一律废止。各地区、各部门一律不得越权制定企业所得税的优惠政策。原《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》(财税[2000]42号)未列入继续有效的税收政策范围。

根据《财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》(财税[2000]42号)规定，医疗机构需要书面向卫生行政主管部门申明其性质，按《医疗机构管理条例》进行设置审批和登记注册，并由接受其登记注册的卫生行政部门核定，在执业登记中注明“非营利性医疗机构”和“营利性医疗机构”。上述医疗机构具体包括：各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、急救中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心等。从以上可以看出，非营利医院实际上主要是公立医院，实践中“非营利性医疗机构”的认定存在不够规范的问题。

实行新企业所得税法后，根据《企业所得税法》第二十六条、《企业所得税法实施条例》第八十四条、第八十五条、《财政部、国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》(财税[2009]122号)、《财政部、国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》(财税[2009]123号)等规定，非营利组织的下列收入为免税收入：一是接受其他单位或者个人捐赠的收入;二是除《企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入;三是按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费;四是不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入;五是财政部、国家税务总局规定的其他收入。民办非营利医院经有关部门认定为非营利组织后，可以按以上规定享受非营利组织的有关税收政策。