进出口公司注册好后默认为小规模纳税人。如果想享受出口退税政策，需申请一般纳税人资格。在公司注册完成后，必须申请进出口备案（经营范围中需有“从事货物及技术的进出口业务”），才有进出口自营权。
小规模纳税人开普通销售发票，一般纳税人开具的发票是增值税专用发票。这两种发票所交纳的税率是不一样的，小规模纳税人的税率自2009年开始变为3%，一般纳税人的税率是17%。
进出口公司无论是小规模纳税人还是一般纳税人除了交纳增值税外，还需交纳企业所得税及地方附加税。
一、进出口公司增值税税率
1、小规模纳税人税率为：3%。其纳税计算方式为开票额*3%/(1+3%)。
2、一般纳税人税率为：17%。其纳税计算方式为先由进项抵销项，再乘以税率。
二、进出口公司企业所得税税率
进出口公司企业所得税有两种征收方式，即查帐征收与核定征收，这两种征收方式的税率也不同。
1、所得税查帐征收：适用财务会计核算规范的企业，按收入减成本费用后的净利润计算企业所得税，税率为25%。
2、所得熟核定征收：是对能够正确核算收入而不能正确核算成本费用的企业适用，按开票额计算企业所得税，税率为1%%，如果进出口公司开票额为100万元人民币，按核定征收所交纳的企业所得税为1万元人民币。
在上海注册的进出口公司，其企业所得税必须为查帐征收。
三、进出口公司地方附加税
地方附加税包括城市维护建设税、教育附加税、河道管理费，其是根据进出口公司交纳的营业税计算的，税率如下：
1、城市维护建设税：税率为1%。如果进出口公司交纳100元的营业税，那么其所交纳的城市维护建设税为1元。
2、教育附加税：税率为3%。如果进出口公司交纳100元的营业税，那么其所交纳的教育附加税税为3元。
3、河道管理费：税率为1%。如果进出口公司交纳100元的营业税，那么其所交纳的河道管理费为1元。
四、进出口公司税收优惠政策
除地方附加税外，进出口公司其它税种税率是全国统一的。进出口公司的税收优惠政策主要体现在返税及出口退税上。以注册上海进出口公司为例，其享受的税收优惠政策如下：
在上海郊区开发区注册进出口公司，可以享受高额的返税优惠政策，营业税可返到实际交税额的20-45%，企业所得税可返实际交税额的10-18%。
需注意的是，在上海注册进出口公司，出口退税部分中的地方退税（国家承担出口退税的92.5%,地方承担7.5%）,开发区一般不予退税。